در رتبه بندی پایگاه استنادی علوم جهان اسلام(ISC) در بخش دانشگاه های علوم پزشکی کشور طی سال  ۹۷-۹۶ دانشگاه علوم پزشکی، خدمات بهداشتی و درمانی استان زنجان رتبه ۱۶ کشور را داشته است. در آن مقطع به ترتیب دانشگاه علوم پزشکی تهران، شهید بهشتی و تبریز رتبه های نخست تا سوم را در کشور داشته اند.

به گزارش همدلی‌زنجان،  شاخص های پژوهشی، آموزش، وجهه بین الملل، تسهیلات(امکانات) و فعالیت های اجتماعی و اقتصادی مورد ارزیابی و امتیازدهی قرار گرفته است. در آن مقطع زمانی دانشگاه علوم پزشکی استان زنجان در بخش پژوهش با نمره ۲۸.۹۳ رتبه ۲۶ را به دست آورده است. در بخش آموزش ۴۰.۹ رتبه ۱۲، در بخش وجه بین الملل نمره ۳۳.۳۸ رتبه ۱۸، در بخش تسهیلات نمره ۳۳.۷۳ رتبه ۲۰ و در بخش فعالیت های اجتماعی و اقتصادی نمره ۳۴.۲۳ رتبه ۱۴ را کسب کرده است.

دانشگاه علوم پزشکی استان زنجان با میانگین نمره و رتبه های مربوطه موفق شده جزو دانشگاه های برتر کشور شود. اما طی سال های ۹۸-۹۷ وضعیت دانشگاه متفاوت بوده است. در این مقطع زمانی دانشگاه علوم پزشکی زنجان حتی جزو ۳۳ دانشگاه معرفی شده کشور نیز نیست! دانشگاه علوم پزشکی فسا توانسته با رتبه ۳۱ در این لیست باشد اما زنجان به عنوان دانشگاه قطب ۶ کشور حتی به اندازه دانشگاه فسا و یا سبزوار نیز نبوده است!

پایگاه استنادی علوم جهان اسلام فعلا رتبه بندی دانشگاه های علوم پزشکی طی سال های ۹۸-۹۷ را منتشر نکرده است. اما در طی سال های ۹۶-۹۵ نیز زنجان رتبه ۱۷ کشور را داشته است. ۹۵-۹۴ رتبه ۱۳ را داشته است.